Permangono, delle architetture gotiche, tranne la terza volta della navata centrale, il coronamento della facciata a capanna monocuspidata, le cappelle laterali del fianco est, la sommità del campanile. La chiesa era impostata longitudinalmente con orientamento nord (facciata) – sud (abside) su pianta basilicale a tre navate con abside a pianta quadrata, due cappelle absidali sul prolungamento delle navate laterali, sacrestia rettangolare parallela alle navate sul lato est, collegata agli ambienti del chiostro, campanile a pianta quadrata, due serie di cappelle laterali sui fianchi.La trasformazione in Ospedale Militare, comportò la divisione dell’alzato della chiesa in due piani, l’apertura di una chiostrina in corrispondenza della terza volta della navata centrale, la separazione degli ambienti delle cappelle laterali del fianco ovest, la demolizione di quelle del lato est, la costruzione dell’attuale corridoio finestrato, la tramezzatura degli interni