Sul presbiterio, a cui si accede per mezzo di cinque gradini, è innalzato l'altare maggiore decorato da tarsie policrome; nei profili inferiori, ai lati della mensa, sono scolpite due piccole teste che si innestano in un gioco di curve. Nella parte superiore al centro, l'Immacolata Concezione sopra un nuvolo di cherubini, ai lati, S. Francesco e S. Antonio da Padova. Al centro dell'altare, sopra il piccolo tabernacolo, vi è un'edicola con cupoletta, atta ad ospitare l'ostensorio. La mensa, dalla struttura sagomata, ha nel paliotto uno stemma. La parte anteriore del presbiterio è chiusa da una balaustra il cui stilobate è formato da intarsi policromi che decorano le varie specchiature