La chiesa è stata ricavata interamente nel banco roccioso, pertanto, essendo totalmente scavata nel tufo, non presenta elementi artificialmente costruiti o realizzati in muratura, eccetto il breve prospetto di ingresso. L'impianto principale è collegato alla chiesa della Madonna dell'Idris mediante un cunicolo scavato nella roccia, a pianta irregolare e di sezione variabile, il cui ingresso si trova accanto all'altare principale di quest'ultima. Dopo aver percorso il corridoio si arriva direttamente nell'aula della chiesa di San Giovanni: essa è caratterizzata da un'unica navata con terminazione absidata, da nicchie ricavate nella parete sud-est e da un ambiente ovest adiacente all'ingresso. Tra l'ambiente principale e l'ambiente di collegamento è ricavato un pilastro dal quale dipartono tre archi. La chiesa era totalmente affrescata, a partire dal cunicolo di collegamento, decorato sulla sua parete destra da un affresco di San Giovanni Battista, in corrispondenza di una lunetta ricavata nella roccia, ci doveva essere un Cristo Pantocratore benedicente alla latina, intriso di influenze tipicamente bizantine. Gli altri affreschi che decorano l'aula sono: l'immagine di un Santo ignoto; San Nicola in abiti vescovili; una testa di Sant'Andrea e frammenti di una Madonna con Bambino nella tipologia iconografia della Glykophilousa; Sant'Andrea; Santi ignoti; San Giacomo e un pannello su cui sono raffigurati San Giovanni Battista e San Giovanni Evangelista, entrambi rappresentati secondo la tarda iconografia occidentale