L'altare maggiore, distante 130 cm dal muro dell'absidiola è riccamente ornato di marmi policromi. Al centro del paliotto si apre una croce raggiata in un medaglione di marmo bianco; ai due lati due mensole, rette da ampie volute, sostengono la mensa. Nei due rincassi laterali, due teschi in marmo bianco richiamano il titolo della chiesa. Il tabernacolo è sormontato da un baldacchino policromo che termina in una sorta di cupola ad ombrello